CHRNA3-CHRNA5-CHRNB4 -geenialueen assosiaatio painoindeksiin ja verenpaineeseen eri muuttujanvalintamenetelmillä
Liuski, Heli (2013-05-20)
H. Liuski
20.05.2013
© 2013 Heli Liuski. Tämä Kohde on tekijänoikeuden ja/tai lähioikeuksien suojaama. Voit käyttää Kohdetta käyttöösi sovellettavan tekijänoikeutta ja lähioikeuksia koskevan lainsäädännön sallimilla tavoilla. Muunlaista käyttöä varten tarvitset oikeudenhaltijoiden luvan.
Julkaisun pysyvä osoite on
https://urn.fi/URN:NBN:fi:oulu-201305211326
https://urn.fi/URN:NBN:fi:oulu-201305211326
Tiivistelmä
Työn tavoitteena on selvittää, löytyykö CHRNA3-CHRNA5-CHRNB4 -geenialueelta assosiaatiota tarkasteltaviin vasteisiin, painoindeksiin ja verenpaineeseen. Kyseiseltä geenialueelta on aiemmin havaittu assosiaatiota tupakoimiseen, ja tämän vuoksi tutkimuksessa analysoidaan erikseen geenialueen vaikutusta tupakoimattomilla ja tupakoivilla. Geenialueelta on tutkimukseen valittu 18 SNP-kohtaa, joiden epäillään vaikuttavan vasteisiin. Tutkimusaineistona on Pohjois-Suomen syntymäkohorttitutkimus 1966, jonka populaatiorakenteen korjaamiseen on muodostettu 10 pääkomponenttia. Tässä tutkimuksessa myös arvioidaan näiden pääkomponenttien tarpeellisuutta.
Mahdollisia tutkimuksesta löytyviä assosiaatiota geenialueen ja vasteiden väliltä analysoidaan eri muuttujanvalintamenetelmien avulla. Tutkimuksessa keskitytään eteenpäin valitsevaan menetelmään ja parhaan osajoukon algoritmiin. Eteenpäin valitsevassa menetelmässä käytetään eri lähtömalleja ja muuttujakokonaisuuksia assosiaatioiden selvittämiseksi. Parhaan osajoukon algoritmissa valitaan yhdestä kahdeksaan muuttujaa ja jokaiselle muuttujamäärälle neljä erilaista osajoukkoa.
Tuloksissa havaitaan selvää assosiaatiota tiettyjen SNP-kohtien ja vasteiden välillä. SNP-kohtien, rs6495309, rs1996371 ja rs4887077, havaitaan vaikuttavan painoindeksiin tupakoivilla, kun taas SNP-kohdan rs1948 havaitaan vaikuttavan systoliseen verenpaineeseen. SNP-kohtien vaikutus vasteisiin näyttäisi olevan voimakkaampaa tupakoivilla kuin tupakoimattomilla.
Tulokset sellaisinaan eivät ole hyödynnettävissä yleisesti, mutta ne ovat suuntaa antavia seuraaville tutkimuksille. Tarvitaan tutkimuksia laajemmassa populaatiossa, jotta voidaan varmentaa tuloksien paikkaansapitävyys. Painoindeksiin ja verenpaineeseen vaikuttavat geenikohdat voivat mahdollisesti vaihdella eri populaatioissa geneettisen taustan vuoksi.
Mahdollisia tutkimuksesta löytyviä assosiaatiota geenialueen ja vasteiden väliltä analysoidaan eri muuttujanvalintamenetelmien avulla. Tutkimuksessa keskitytään eteenpäin valitsevaan menetelmään ja parhaan osajoukon algoritmiin. Eteenpäin valitsevassa menetelmässä käytetään eri lähtömalleja ja muuttujakokonaisuuksia assosiaatioiden selvittämiseksi. Parhaan osajoukon algoritmissa valitaan yhdestä kahdeksaan muuttujaa ja jokaiselle muuttujamäärälle neljä erilaista osajoukkoa.
Tuloksissa havaitaan selvää assosiaatiota tiettyjen SNP-kohtien ja vasteiden välillä. SNP-kohtien, rs6495309, rs1996371 ja rs4887077, havaitaan vaikuttavan painoindeksiin tupakoivilla, kun taas SNP-kohdan rs1948 havaitaan vaikuttavan systoliseen verenpaineeseen. SNP-kohtien vaikutus vasteisiin näyttäisi olevan voimakkaampaa tupakoivilla kuin tupakoimattomilla.
Tulokset sellaisinaan eivät ole hyödynnettävissä yleisesti, mutta ne ovat suuntaa antavia seuraaville tutkimuksille. Tarvitaan tutkimuksia laajemmassa populaatiossa, jotta voidaan varmentaa tuloksien paikkaansapitävyys. Painoindeksiin ja verenpaineeseen vaikuttavat geenikohdat voivat mahdollisesti vaihdella eri populaatioissa geneettisen taustan vuoksi.
Kokoelmat
- Avoin saatavuus [36660]